Teritoriul satului se află într-o subunitate a Podișului Sucevei, în Podișul Dragomirnei, din punct de vedere regional făcând parte din provincia istorică Bucovina. Orașele cele mai apropiate de Calafindești sunt: Siret(11 km), Rădăuți (25 km) și Suceava (32 km).

Sub aspect geologic, zona se suprapune Platformei Moldovenești. Aceasta reprezintă o zonă rigidă, consolidată în Proterozoic. Fundamentul platformei, bine consolidat, alcătuit din formațiuni cristaline, este acoperit de o cuvertură sedimentară formată pe parcursul a trei cicluri de sedimentare, cel mai important fiind cel Volhinian, de depozite sarmațiene. Litologic acesta este alcătuit din depozite detritice reprezentate prin alternanțe de argile și nisipuri, la care se adaugă unele nivele de gresii și calcare oolitice, lentile de prundișuri, etc. Din punct de vedere geomorfologic, satul Calafindești se află pe platoul structural, ce are o înălțime maximă de 504 m (la Ciuhă), numit Dealul Țăranca. Vatra satului se află între altitudine de aproximativ 375 m și 504 m, pentru ca teritoriul agricol aferent satului să coboare la 340 m altitudine, suprapus fiind văii pârâului Horaiț. Pe lângă platoul structural principal, numit și platoul Calafindești mai există și câteva platouri secundare.

Clima caracteristică zonei este cea temperat-continentală, supusă influențelor din estul Europei. Temperatura medie multianuală este cuprinsă între valorile de 7-8 °C. Cele mai ridicate temperaturi se înregistrează în luna iulie, temperatura medie fiind de 18 °C, în luna ianuarie înregistrându-se cele mai scăzute valori, media fiind de –4,5 °C. Cantitatea de precipitații este legată de dinamica atmosferică, reflectând dispunerea în cadrul continentului european. Media multianuală a precipitațiilor atinge valori cuprinse între 550 și 650 mm/an, cele mai mari valori înregistrându-se în timpul verii, iarna înregistrându-se cele mai scăzute valori. Vânturile dominante sunt cele de NV, cele de E si NE având o frecvență mai mică. Vânturile de NE aduc în anotimpul cald aer uscat și fierbinte, pe când în cel rece aduc mase de aer rece și umed.

Rețeaua hidrografică a satului este compusă din pâraiele Horaiț, Hatnuța și Hanțica. Pârâul Horaiț străbate zona vestică a satului, izvorând din dealul cu același nume și se varsă în râul Suceava, după ce, în prealabil, se varsă în iazul Grănicești. Pârâul Hatnuța izvorăște la E de sat, din locul numit “pârâul Cojocei” și se varsă în râul Suceava, după ce, în prealabil se varsă în iazul Șerbăuți. Alimentarea pâraielor se face în principal prin surse de suprafață, formate din apa precipitațiilor, un rol important avându-l și apele subterane

Solurile evidențiate pe teritoriul satului aparțin claselor molisolurilor (cernoziomoid) argiluvial), solurilor argiloiluviale (soluri brune luvice, luvisoluri albice), solurilor hidromorfe, solurilor neevoluate, cât și complexelor de soluri.

Vegetația este influențată de factorii fizico-geografici : climatici, edafici, geomorfologici și antropici. Formațiunile vegetale aparțin zonei pădurilor de foioase, cu o predominanță a fagului (Fagus silvatica) și carpenului (Carpinus Betulus) în amestec cu stejarul (Querqus robur). Pe lângă foioase se mai întâlnesc și esențe rășinoase ca molidul (Piceea excelsa). Stratul arbustiv este alcătuit în special din alun (Corylus avellana), sânger (Cornus sanguneea), zmeur (Robur idaeus), etc. Covorul erbaceu este alcătuit din firuță (Poa nemoralis), păiuș (Festuca altissima), toporași (Viola odorata), ghiocei (Galanthus nivalis), etc. În apropierea apelor crește vegetația hidrofilă : rogozul (Carex acuta, Carex riparia) și papura (Typha angustifolia). În mod special, trebuie amintită rezervația floristică de pe teritoriul agricol al satului, “Fânețele Calafindești”, în apropierea pârâului Horaiț. Aici se întâlnesc varza iepurelui (Ligularia glauca) și laleaua pestrița (Filitillaria meleagris).

Fauna întâlnită pe teritoriul satului și a zonei agricole aferente lui este reprezentată de mamifere ca porcul mistreț (Sus scrofa), căprioară (Capreolus capreolus), dihorul (Mustella putorius), iepurele de câmp (Lepus europaeus), șoarecele de câmp (Microtus arvalis), șoarecele de casă (Mus musculus). Păsările întâlnite în zonă sunt : ciocănitoarea (Dentrocopas major), porumbelul, cucul, vrăbii, rândunele, etc. Pe lângă acestea se mai întâlnesc reptile (vipera comună, broasca râioasă, șopârle etc.) și nevertebrate (păianjeni, lăcuste etc.).